La biodiversidad o diversidad biológica incluye, de modo general, a todos los organismos vivos de la Tierra y sus relaciones entre sí y con el ambiente. El concepto de biodiversidad contiene tres niveles integrados: genético, específico y ecosistémico. El nivel genético comprende a los genes y su expresión, la base molecular de la vida. El nivel específico incluye a las diversas especies de organismos, desde las plantas y las diminutas bacterias y hongos hasta las gigantescas ballenas. El nivel ecosistémico abarca a las comunidades de organismos integrados a su ambiente en diferentes regiones con características definidas como bosques, pastizales, arrecifes y selvas.
Una mayor biodiversidad asegura ambientes robustos y saludables en los distintos ecosistemas ya que las comunidades de organismos más diversas son también las más resilientes. ACUMAR se compromete con la conservación de la biodiversidad en el ámbito de la Cuenca Matanza Riachuelo mediante diferentes medidas de gestión y manejo tanto de la flora y fauna nativa como exótica, llevando a cabo campañas de monitoreo de vertebrados e invertebrados acuáticos y la evaluación del estado ecológico de cauces, márgenes y riberas, así como también promoviendo y apoyando la implementación de Planes de Manejo en áreas naturales protegidas y el monitoreo estacional de los humedales prioritarios.
ACUMAR lleva a cabo acciones concretas en la Cuenca Matanza Riachuelo para cumplir con lo dispuesto en el Convenio sobre la Diversidad Biológica de 1992, que Argentina incorporó a su ordenamiento jurídico mediante Ley 24.375/94. Este Convenio es el instrumento internacional para la conservación de la diversidad biológica, la utilización sostenible de sus componentes y la participación justa y equitativa en los beneficios que se deriven de la utilización de los recursos genéticos. La conservación de la biodiversidad se lleva a cabo en la Cuenca Matanza Riachuelo y sus ambientes naturales mediante medidas que incluyen la investigación, el monitoreo y el manejo y gestión de áreas naturales valiosas desde el punto de vista socioambiental, que brindan bienes y servicios ecosistémicos que aseguran una mejor calidad de vida a todos los habitantes de la cuenca.