Con posterioridad, en su Resolución del 19 de diciembre de 2012, la Corte Suprema advirtió que “(…) los avances realizados en el saneamiento de la Cuenca Matanza Riachuelo traen aparejados nuevas y complejas problemáticas (…)” resultando en consecuencia “ (…) conveniente una división transitoria de la ejecución del pronunciamiento (…)” de fecha 8 de julio de 2008 “(…) entre dos magistrados”, en sustitución del Juzgado Federal de Primera Instancia de Quilmes.
De esta manera, designó al Juzgado Nacional en lo Criminal y Correccional Federal N° 12 a cargo del Dr. Sergio Torres para “(…) el control de los contratos celebrados o a celebrarse en el marco del plan de obras de provisión de agua potable, cloacas (a cargo de AySA, ABSA ENHOSA), del tratamiento de la basura (a cargo de CEAMSE), así como su nivel de ejecución presupuestaria (…)”. En tanto “todas las restantes competencias atribuidas en la sentencia de julio de 2008 (…)” quedaron a cargo del Juzgado Federal en lo Criminal y Correccional N° 2 de Morón, cuyo titular es el Dr. Jorge Rodríguez.